Ebben a fejezetben az operációs rendszerekkel kapcsolatban felmerülo biztonságossági kérdésekrol lesz szó (leginkább a UNIX rendszerben felmerülo gondokról). Ez a nyílt rendszerekkel kapcsolatban az egyik legfontosabb kérdéskör, mert a fájlrendszerben (és a rendszer többi részében) tárolt információk a tulajdonosuknak komoly értéket jelenthetnek. A biztonságosságra foleg a hálózatok jelenléte miatt kell ügyelni (mivel mondjuk egy hibásan, átgondolatlanul megírt FTP-szerver akár mindenkinek mindent megengedhet - mivel ez egyes implementációkban az FTP szerver gyakran setuid root program azaz végrehajtásakor szuperfelhasználói jogokkal rendelkezik). Tehát a hangsúly a rendszerhez való hozzáférés szabályozásán valamint a kommunikáció biztonságossá tételén van (nem szabad megengedni, hogy a rendszerben tárolt adatokhoz illetéktelenek hozzáférjenek) - az nyilvánvaló, hogy ez a kérdés túlmutat az adattitkosítás kérdésén - és az élet más területeivel is szoros kapcsolatban van: például a rendorség hozzáférhet az emberekrol tárolt adatokhoz vagy sem; vagy mi számítson banktitoknak?
Bizonyos szempontból ide tartozik az adatvesztés elkerülése is (pl. mert leég a ház, vagy véletlenül rossz floppyt formattálunk, ...), de ezekkel a kérdéssel itt nem akarok foglalkozni (nem is igen tudnék mit írni, azon kívül, hogy rendszeresen csináljunk minden adathordozón tárolt információról biztonsági másolatot).