Az autoconf egy program ami segít a fejlesztőnek a forrás konfigurálásában. Segítségével szkripteket lehet előállítani, amik lehetővé teszik, hogy a programod forrása a célrendszerhez idomuljon. A GNOME használja ezt a programot, a párjával, az Automake-el együtt. A két program lehetővé teszi, hogy rendszerre szabott Makefile-okat gyártsál. Az Autoconf, sok más GNU programmal egyetemben, m4-et, egy nagyon hatékony (de misztikus) makrónyelvet használ. A fájlok generálására használt makrók többsége megtalálható a /usr/share/aclocal könyvtárban, vagy a forrás macros alkönyvtárában.
Ha tar csomagokat használsz, az automake-et és autoconf-ot már lefuttatták neked, nincs szükséged rájuk a rendszereden. Ha CVS-t használsz, nem fogsz túl messzire jutni ezen programok relatíve friss verziója nélkül. Az Autoconf-ról megtudhatsz többet a http://www.gnu.org/software/autoconf/autoconf.html lapon, az Autoconf-ról pedig a http://www.gnu.org/software/automake/automake.html címen.
Tartsd észben, hogy a configure, config.h, Makefile fájlok, sőt még a Makefile.in is generált fájlok. Ha foltozni akarod valamelyiket, a változtatásokat a következő fájlokon eszközöld: configure.in, config.h.in és Makefile.am.