Az ablakkezelő az X Window System része, ez a program határozza meg, az ablakok elhelyezkedését és kinézetét. Nézz rá egy xterm-re, vagy bármilyen programra. Az ablak azon része, amiben a terminál szövegét olvashatod, az igazi xterm, a keret, a címsor, a gombok, stb... mind az ablakkezelő részei. Egyes ablakkezelőknek vannak további szolgáltatásaik, de minden ablakkezelő biztosan felel az ablakok elhelyezéséért és a dekorációért.
Rengeteg ablakkezelő létezik és a GNOME-nak jól kell működnie bármelyikkel. Van a GNOME-nak néhány szolgáltatása (pl. a session-kezelés, vagy a GNOME lapkezelővel való együttműködés) amit csak az erre felkészített un. GNOME-kompatíbilis vagy GNOME-compliant ablakkezelők tudnak kihasználni. Az ablakkezelők, amelyek a GNOME-ot a "legjobban" ismerik a következők: Enlightenment, Sawmill, WindowMaker és IceWM. Az FVWM, SCWM, AfterStep és QVWM ablakkezelők is hamarosan GNOME kompatíbilisek lesznek.