A GNOME configure szkripteket használ (ezeket az Autoconf generálja) a forráskód rendszerhez illesztéséhez. A Configure kinyomozza, hogy hogyan van a rendszered beállítva, definiálja a megfelelő konstansokat a fordító számára, és hozzáad vagy kivesz részleteket a kódból.
A Configure ismer egy csomó opciót, írd be, hogy ./configure --help és végigböngészheted a teljes listát. A legfontosabb a --prefix opció, ez mondja meg, hogy a GNOME hova kerüljön. Ha nem adod meg a prefix opciót, a GNOME fájljai alapértelmezésben a /usr/local könyvtárba kerülnek. A legtöbb RPM csomag a /usr prefixet használja. Sok felhasználó szereti /opt/gnome előtagot, ehhez a lejjebb részletezett előkészületekre van szükség.
A Configure ellenőriz még néhány környezeti változót, pl. beállíthatod a CFLAGS változót, hogy tartalmazza a C fordító azon opcióit, amiket mindenképpen szeretnél átadni neki. Ilyen lehet a -O6, ami maximalizálja az optimalizációt, vagy a -g, ami beleilleszti a hibakereső szimbólumokat.