Nem sok szoftvercsomagnak kellene használnia a /usr hierachia alatt található közvetlen alkönyvtárakat. Kivételt képez ez alól az X Window Rendszer (the X Window System), mivel tekintélyes kivételt képez és mert gyakorlata széles körben elfogadott. A szabvány ezen szakasza részletezi a legtöbb dolog (például a csomagok) elhelyezkedését a hierarchián belül.
A következő könyvtárakra mutató, szimbolikus hivatkozásoknak szükséges a megléte. Ezek azon a kívánalmon alapulnak, hogy szükséges megőrizni a kompatibilitást a régebbi rendszerekkel egészen addig, amíg valamennyi implementáció feltételezetten a /var hierarchiát használja.
/usr/spool -> /var/spool
/usr/tmp -> /var/tmp
/usr/spool/locks -> /var/lock
A későbbiekben, ha már egy szimbolikus hivatkozás (link) sem szükséges a fentiek közül, a hivatkozások törlésre kerülhetnek, ha ez megkívánt.