A védelem nagyon fontos, foleg a többfelhasználós operációs rendszerekben. Itt kell védeni a felhasználókat egymás elol, és az operációs rendszer "belso dolgait" a (kíváncsi, rosszindulatú, ügyetlen) felhasználók, és a hibás programok elol. A védelem alapját az képezi, hogy a legtöbb mikroprocesszor kétféle üzemmódban tud muködni: felhasználói illetve felügyeloi üzemmódban. A felügyeloi üzemmódban minden meg van engedve, a felhasználói üzemmódban néhány dolog nincs megengedve (például az, hogy az egyik felhasználó átírja a másik felhasználó programját, és a felhasználók nem nyúlhatnak az operációs rendszer "beleegyezése nélkül" a különféle hardver perifériákhoz). A felügyeloi üzemmód fenn van tartva az operációs rendszernek, a felhasználói üzemmódban pedig az egyes felhasználók programjai futhatnak.