Alapértelmezésben a GNOME minden fájlját az előtagként megadott könyvtárba teszi. Így könnyű a GNOME-ot elkülöníteni, de mégis vannak olyan helyzetek, ahol nem ez a legjobb megoldás. Különösen igaz ez akkor, ha a GNOME-ot hálózaton keresztül szeretnéd megosztani, vagy szigorú FHS kompatíbilitásra törekszel. Ilyen esetben egyes könyvtárakat máshol szeretnél látni. A GNOME etc könyvtárát áthelyezheted a --sysconfdir kapcsolóval. Hasonlóképpen a var könyvtár helyét megváltoztathatod a --localstatedir kapcsolóval.
Például egy FHS kompatíbilis GNOME rendszer előtagja fordításkor lehet a /opt/gnome, azonban az etc fájljai a /etc/opt/gnome-ban kell legyenek , valamint a var fájljai a /var/opt/gnome könyvtárba tartoznak. Ennek megvan az az előnye, hogy kiajánlhatod csak olvasásra a /opt/gnome könyvtárat, e mellett a gépeknek lehet lokális konfigurációjuk. Ehhez a következő configure opciókat kell megadnod: ./configure --prefix=/opt/gnome --sysconfdir=/etc/opt/gnome --localstatedir=/var/opt/gnome.