Három lehetőséged van: a make clean, a make distclean vagy a forráskönyvtár törlése. A make clean töröl minden végrehajtható és tárgyfájlt, valamint egyéb feleslegessé vált fájlokat, elegáns és biztonságos megoldás. A következő lehetőség, a make distclean elméletileg mindent töröl ami nem volt az eredeti tar csomagban. Ha ezt választod, nem tudod majd eltávolítani a modult. Ugyanez érvényes a forráskönyvtár eltávolítására. A make clean parancs az ajánlott általában, a másik kettő drasztikus lépésnek számít.